La iglesia consta de una sola nave rectangular de cuatro tramos, a la que se abren las capillas laterales. La nave de la iglesia está construida siguiendo el estilo tardo gótico, que se transforma en renacentista en la Capilla Mayor. En el siglo XVIII, los monjes decidieron cubrir techos y paredes con pinturas murales. Esta tarea fue encomendada al taller de Juan de Medina, que ejecutó el encargo entre 1723 y 1735.
Cabe resaltar que en la Capilla Mayor reposan los restos de Gonzalo Fernández de Córdoba y su esposa, María Manrique, Duquesa de Sessa. Gonzalo fue un famoso militar al servicio de los Reyes Católicos que participó en todas sus grandes gestas de finales del siglo XV y principios del XVI.